[양도세] 임대주택 추가시, 거주주택 비과세 혜택 적용 요건 (조심2021서7000, 2022.06.20)

 

 

이 사례의 쟁점은 다음과 같습니다. 

기존 임대주택에 대하여 임대주택 등록과 사업자등록을 한 상태에서 추가 임대주택에 대하여 관할 지방자치단체에 임대주택 등록만 한 경우 (즉, 세무서에는 사업자등록을 별도로 하지 않은 경우)  「소득세법 시행령」제155조 제20항의 1세대 1주택 비과세 특례규정이 적용되는 장기임대주택에 해당되는지 여부

 

 

사실관계는 이렇습니다. 

 

이 심판례의 청구인들은 기존 임대주택은 그 임대주택의 사업장 주소지 관할 세무서에 사업자등록하고 추가 임대주택은 구청에만 추가로 임대 등록한 이후 기존 임대주택과 추가 임대주택 모두에 대해 사업자현황신고를 매년 이행했습니다. 

 

임대주택법에 따라 임대사업자로 등록한 사업자는 주소지를 사업장으로 해서 사업자등록을 할 수 있는데요, 이때 주소지에 사업자등록한 자는 임대용주택을 추가할 때 별도의 사업자 등록이나 당초 사업자등록에 대한 정정은 하지 않아도 된다는 기존 국세청의 해석이 있었습니다. 

 

국세청은 청구인이 기존 임대주택을 주소지가 아닌 사업장 관할 주소지 세무서에 사업자등록하였으므로, 이 유권해석의 적용을 받을 수 없고, 따라서 추가 임대주택 또한 그 임대주택이 속한 관할 세무서에 사업자등록을 해야한다고 주장했는데요.

 

 

 

이에 대한 조세심판원 판단은 아래와 같습니다. 

 

1) 임대주택 등록을 추가한 후 관할세무서에 매년 사업자현황신고를 하고 있는 청구인들에게 거주주택 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하는 것이 타당해 보이는 점, 

 

2) 설령 주소지 관할 세무서로 사업자등록을 정정할 사유에는 해당한다 할지라도 이를 미등록사업자로 보아 거주주택 비과세 특례를 배제하는 것은 불합리해 보이는 점 등에 비추어,

 

처분청에서 임대주택3이 거주주택 1세대 1주택 비과세 특례의 장기임대주택 요건을 갖추지 못하였다고 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

 

 

 

국세청은 조세법률주의에 입각한 엄격해석의 원칙을 주장했고, 심판원은 실질과세의 원칙에 따라 판단했습니다.  

 

 

 

조심2021서7000, 2022.06.20

【제목】
임대주택2에 대하여「민간임대주택에 관한 특별법」제5조 등에 따라 aaㆍbb구청에 임대사업자로 등록하고 cc세무서에 사업자등록한 상태에서 임대주택3에 대하여 20xx.x.xx. ○○구청에 임대주택 등록을 추가한 후 관할세무서에 매년 사업자현황신고를 하고 있는 청구인들에게 거주주택 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하는 것이 타당하다고 판단됨

【주문】
○○○서장이 2021.4.29. 청구인들에게 한 2020년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소한다.

【이유】

1. 처분개요
가. 청구인 aaa과 청구인 bbb(부부관계로 이하 “청구인들”이라 한다)는 2015.5.20. 공동(각 1/2 지분)으로 취득한 후 거주한 ○○○(이하 “쟁점거주주택”이라 한다)를 2020.12.30. OOO원에 양도하였고,
2021.2.17. 쟁점거주주택 양도당시 청구인들이 보유한 아래 표1 내역의 임대주택을 주택 수 계산에 포함하고 다주택 중과(1세대 3주택 이상)세율을 적용하여 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.
나. 이후 청구인들은 2021.2.26. 쟁점거주주택이「소득세법 시행령」제155조 제20항에 따라 1세대 1주택 비과세 특례가 적용되는 주택에 해당하므로 이에 따라 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급해달라는 내용의 경정청구를 제기하였으나,
처분청은 2021.4.29. 임대주택3이「소득세법」제168조에 따른 사업자등록이 되어 있지 않아「소득세법 시행령」제155조 제20항에 따른 거주주택 비과세 특례의 장기임대주택 요건을 갖추지 못하였다고 보아 경정청구를 받아들일 수 없다는 취지의 거부통지를 하였다.
다. 청구인들은 이에 불복하여 2021.7.15. 이의신청을 거쳐 2021.11.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장
(1) 청구인들은 임대주택2에 대하여 2012.7.13. 「임대주택법」에 따라 당시 주소지 관할인 ○○○에 주택임대 등록을 하고 2013.11.19. ○○○에 사업자등록을 하였으며, 임대주택3은 2018.9.27. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 당시 주소지 관할인 ○○○에 주택임대 등록을 하였다.
국세청은 사업자등록은 임대주택의 소재지를 사업장으로 하여야 하는 것이나, 「임대주택법」의 규정에 의하여 임대사업자로 등록한 사업자는 그 등록한 주소지를 사업장으로 하여 사업자등록을 할 수 있고(소득46011-485, 1999.12.13.), 「임대주택법」ㆍ「소득세법」에 따라 등록한 자가 임대용 주택을 추가로 매입할 경우 이는 사업자등록 정정사유에 해당하지 않는다(소득세과-3054, 2008.9.2.)고 해석하고 있으며, 기존 임대주택에 대하여 「임대주택법」ㆍ「소득세법」에 따라 등록한 자가 추가로 매입한 임대주택에 대하여 지방자치단체에만 임대사업자로 등록한 경우에도 거주주택 비과세 특례를 적용받을 수 있다(부동산거래관리과-199, 2012.4.16.)고 해석하고 있는바,
처분청은 임대주택2ㆍ3이 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대주택 등록은 되어 있으나, 사업자등록은 임대주택2에 대해서만 ○○○에 등록되었고 임대주택3에 대하여는 등록되지 않아 장기임대주택 요건을 갖추지 못하였다고 보아 경정청구를 거부하였으나, 청구인들은 임대주택2에 대하여「임대주택법」ㆍ「소득세법」에 따라 등록한 상태에서 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 임대주택3을 ○○○에 추가로 등록할 때 이미 「소득세법」에 따른 사업자등록이 되어 있었으므로 임대주택3에 대하여 별도로 사업자등록하거나 사업자등록 정정할 의무가 없고, 임대주택3을 ○○○에 추가로 등록한 이후 2018 ~ 2020년 귀속분까지 ○○○에 사업장현황신고도 정상적으로 이행하였으므로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
(2) 처분청은 상기 국세청 예규는 「임대주택법」에 따라 임대사업자로 등록한 사업자가 그 주소지를 사업장으로 하여 사업자등록을 한 경우에만 임대주택 추가시 별도의 사업자등록이 필요하지 않다는 해석으로, 당초 임대주택에 대하여 주소지를 사업장으로 하지 않고 사업장 관할 세무서에 사업자등록을 한 경우에는 임대주택 추가시 동 예규를 적용할 수 없다고 주장하나,
원칙적으로 「소득세법」 제168조에서 사업자등록은 사업장 소재지 관할 세무서장에게 하도록 하고 있으나 임대주택의 경우에는 납세자 편의를 위해 주소지 관할 세무서에 등록할 수 있도록 국세청에서 해석하고 있는 것으로, 청구인들이 임대주택3을 ○○○에 추가로 등록할 때 이미 ○○○에 사업자등록이 되어 있었으므로 사업장 이전(임대주택2의 사업장 소재지 관할인 OOO → 주소지 관할인 처분청)으로 인한 사업자등록 정정사유에는 해당한다 할지라도 이를 미등록사업자라고 할 수는 없고, 사업자등록 정정 신고를 하지 않았다고 하더라도 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록 자체를 하지 않은 것은 아니므로 청구인들의 경정청구를 거부한 처분은 위법ㆍ부당하다.
(3) 청구인들은 임대주택2를 ○○○에 사업자등록하고 임대주택3을 구청에 추가로 등록한 이후 임대주택2ㆍ3에 대하여 사업자현황신고를 충실히 하며 어떠한 탈세도 자행한 바가 없고, 소득세의 신고ㆍ납부나 과세문제는 거주지나 관할 세무서가 어디인지에 따라 전혀 차이가 없음에도 불구하고, 청구인들이 쟁점주택2를 ○○○에 사업자등록하면 거주주택 비과세 특례가 적용되고 ○○○에 사업자등록하면 비과세 특례를 적용받지 못한다 하여 임대주택3의 기준시가 OOO원의 10배가량인 양도소득세를 추가로 부담하게 된다면 이는 매우 부당하다.

나. 처분청 의견
(1) 「소득세법 시행령」 제155조 제20항의 거주주택 비과세특례를 적용받기 위해서는 거주주택 이외의 주택이 “장기임대주택”에 해당하여야 하고 이에 해당하려면 ① 양도일 현재 「소득세법」 제168조에 따라 사업자등록을 하고, ②「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여야 하며, ③ 양도일 현재 그 임대주택을 임대하고 있는 등의 요건을 충족해야 한다.
한편,「소득세법」제168조는 사업자등록시 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다고 규정하고 있는데, 임대주택법에 의하여 임대사업자로 등록한 사업자는 그 등록한 주소지를 사업장으로 하여 관할 세무서장에게 사업자등록을 할 수 있는 것(소득46011-485, 1999.12.13.)이며, 이에 따라 주소지에 사업자등록한 자는 임대용 주택을 추가할 때 별도의 사업자등록이나 당초 사업자등록에 대한 정정은 필요하지 않다(소득세과-3054, 2008.9.2.).
청구인들은 상기 국세청 질의회신을 근거로 임대주택2에 대하여 이미 ○○○에 사업자등록을 하였으므로 임대주택3을 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 임대주택으로 추가등록시 별도로 「소득세법」에 따른 사업자등록이나 사업자등록정정이 필요하지 않다고 주장하나, 청구인들은 임대주택2에 대한 사업자등록시 주소지를 사업장으로 하지 않고 사업장 관할 세무서인 ○○○에 사업자등록을 하였으므로 임대주택3은 양도일 현재「소득세법」에 따른 사업자등록을 하였다고 볼 수 없다.
(2) 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것(대법원 2008.10.23. 선고, 2008두7830 판결 외)인바,
청구인들의 주장은 사업자등록이 되어 있지 않음에도 이를 확장해석한 것으로 「소득세법 시행령」 제155조 제20항 제2호가 정한 장기임대주택의 요건을 완화하여 비과세 요건을 확장해야 한다는 취지인데, 명백히 비과세 특례의 요건을 정하고 있는 법률 규정을 청구주장과 같이 확장하여 해석할 아무런 이유나 근거가 없으므로 처분청의 이 건 경정청구 거부처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단
가. 쟁점
기존 임대주택에 대하여 임대주택 등록과 사업자등록을 한 상태에서 추가 임대주택에 대하여 관할 지방자치단체에 임대주택 등록만 한 경우「소득세법 시행령」제155조 제20항의 1세대 1주택 비과세 특례규정이 적용되는 장기임대주택에 해당되는지 여부
나. 관련 법령 ~ 생략
다. 사실관계 및 판단
(1) 쟁점거주주택의 부동산등기부등본에 의하면, 청구인들은 2015.5.20. 공동(각 1/2 지분)으로 쟁점거주주택을 취득한 후 2020.12.30. 매매를 원인으로 소유권이전등기를 한 것으로 나타난다.
(2) 청구인들의 주민등록초본에 의하면, 청구인들은 2015.5.20. 쟁점거주주택에 전입하여 2018.7.26. 전출한 것으로 나타난다.
(3) 청구인들 및 처분청이 제시한 심리자료에 따라 쟁점거주주택 양도 당시 청구인들이 보유한 임대주택 보유 및 등록 현황을 정리하면 아래 표2와 같다.
(4) 청구인들은 임대주택2ㆍ3과 관련하여 사업장현황신고서를 제출하고 있고, 2018년 이후 첨부된 ‘주택임대사업자 수입금액 검토표’ 내역은 아래 표3과 같다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「소득세법 시행령」제155조 제20항 제2호에서 1세대 1주택 비과세 특례를 적용받을 수 있는 장기임대주택의 요건으로 거주주택 양도일 현재「소득세법」제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대할 것을 규정하고 있고, 「소득세법」제168조에서 사업자등록은 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하도록 규정하고 있으나, 국세청은 임대주택의 경우「소득세법」에 의한 사업자등록은 임대주택 소재지를 사업장으로 하여야 하는 것이나 납세자 편의 등을 위해 「임대주택법」에 따라 임대사업자로 등록한 자는 그 등록한 주소지를 사업장으로 하여 사업자등록 할 수 있도록 해석(소득46011-485, 1999.12.13.)하고 있고, 주소지 관할 세무서에 임대사업자로 사업자 등록한 사업자가 임대주택을 추가할 경우 별도로 사업자등록을 하거나 사업자등록을 정정할 사유에 해당하지 않으며 (소득세과-3054, 2008.9.2.), 따라서 추가로 등록하는 임대주택에 대하여는 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대주택 등록만 하더라도 거주주택 1세대 1주택 비과세 특례대상인 장기임대주택에 해당한다고 해석(부동산거래관리과-199, 2012.4.16., 같은 뜻임)하고 있는바, 임대주택2에 대하여「민간임대주택에 관한 특별법」제5조 등에 따라 ○○○에 임대사업자로 등록하고 ○○○에 사업자등록한 상태에서 임대주택3에 대하여 2018.9.27. ○○○에 임대주택 등록을 추가한 후 관할세무서에 매년 사업자현황신고를 하고 있는 청구인들에게 거주주택 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하는 것이 타당해 보이는 점, 청구인들은 임대주택2에 대하여 국세청의 해석과는 달리 주소지가 아닌 사업장 소재지 관할인 ○○○에 사업자등록을 하였는바, 설령 주소지 관할 세무서인 ○○○로 사업자등록을 정정할 사유에는 해당한다 할지라도 이를 미등록사업자로 보아 거주주택 비과세 특례를 배제하는 것은 불합리해 보이는 점 등에 비추어, 처분청에서 임대주택3이 거주주택 1세대 1주택 비과세 특례의 장기임대주택 요건을 갖추지 못하였다고 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

 

 

 

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